当社は建設業の会社に対し、土木建築業務をする作業員を提供する会社です。取引先とは請負契約として契約書を交わしているのですが、「偽装請負」ではないかという問題点の指摘も受けております。「偽装請負」とならないために注意すべき点はなんでしょうか？

建設業では、原則として「労働者派遣」は認められていません。契約書等で形式上、請負契約としていても、実際には労働者派遣と言える場合には、「偽装請負」として、労働安全衛生法違反や職業安定法違反、労働者派遣法違反に問われる可能性があります。
そして、建設業務では、土木・建築その他工作物の建設・改造・保存・修理・変更・破壊若しくは解体の作業、又はこれらの作業に係る業務が、労働者派遣として禁止されている業務となります。
請負契約は、依頼された仕事を完成させ、その結果に対し報酬を支払うことを約束する契約で、注文主と労働者の間に指揮命令関係がありません。これに対し、労働派遣契約は、派遣先の事業主から指揮命令を受け派遣先のために労働する契約です。
なお、建設業務において、労働者派遣が禁止されるのは、建設現場で直接作業に従事する者に限定されますので、同じ建設現場で働く場合でも、事務職員として業務をする場合には、労働者派遣が可能です。労働派遣か請負契約の区別は、主にこの指揮命令下にあるかで判断されます。

建築物に瑕疵があり大きな修繕をする必要が出てしまいました。下請会社の全面的なミスなのですが、元請会社の私たちが注文会社に対し、すべての修繕費出す必要があるのでしょうか。下請会社に責任はないのでしょうか？

下請会社にすべての責任があったとしても、注文者に対する関係では、元請会社が全面的に責任を負います。
元請会社のミスではなく、すべて下請会社のミスであったとしても、下請会社の行為は注文者との関係では下請会社を使った元請会社の行為と同一視されます。そのため、元請会社は、注文者に対して、全面的に損害賠償義務を負います。
もっとも、元請会社と下請会社との間では、個別の業務請負契約を締結しております。そこで、元請会社は、下請会社に対して、注文者に対して支払うことになった損害の賠償を求めることが可能です。。

建設業において、中抜きをして一括下請負をする場合、何か問題ありますか？